El día 2 de noviembre de 2009 se hizo pública su contratación como seleccionador de la selección de fútbol de Cataluña. En noviembre de 2012, Cruyff anunció su jubilación como entrenador, al considerar que a sus 65 años ya lo había dado todo para devolver el apoyo recibido por parte de los ciudadanos de Cataluña como seleccionador regional. En los últimos años, por parte de los diferentes gobiernos, ha predominado el concepto de llevar a cabo grandes proyectos, en ocasiones ostentosos, diseñados por reconocidos arquitectos. El partido se llevó a cabo el 26 de junio, la selección de Inglaterra abrió el marcador al minuto 20 con gol de Darren Anderton y nueve minutos más tarde, David Beckham marcó el segundo gol en una jugada de tiro libre. Pero Cruyff no fue un entrenador cualquiera en Barcelona, y es que dejó una gran huella, hasta el punto de que con su marcha el barcelonismo quedó dividido en cruyffistas y nuñistas.
Tras su marcha del F. C. Barcelona como entrenador, Cruyff se convirtió en un referente de opinión en el fútbol europeo y especialmente en el entorno del equipo barcelonés. Finalmente, a falta de dos jornadas para terminar la temporada 1995-96, Cruyff fue destituido tras una discusión muy airada que mantuvo con Joan Gaspart (entonces vicepresidente del club) en los vestuarios del Camp Nou a causa de los rumores sobre el posible fichaje de Bobby Robson como posible entrenador del F. C. Barcelona para la temporada siguiente, como consecuencia de los malos resultados que estaba cosechando entonces el Dream Team. Pero sus dos primeras temporadas en Barcelona no fueron fáciles. Posteriormente mediante argucias consiguió el carné, y seguía sin haber hecho el curso, Sentado en el banquillo del Ajax permaneció dos temporadas y media, en las que el novedoso juego del equipo deslumbró a la Europa futbolística, hasta el punto de ser nombrado el mejor entrenador del mundo por la revista World Soccer Magazine. Serán recordadas las palabras que Johan dirigió a sus jugadores antes de salir al campo: «Estáis en Wembley, y vais a jugar una final de la Copa de Europa: así que salid ahí fuera y disfrutad».
Sin embargo el Milan le endosó un claro 4-0. El Dream Team de Cruyff llegaba a su fin de este modo, necesitando una renovación de su plantilla. El Barça también llegó a la final de la por entonces ya llamada Liga de Campeones, disputada en Atenas y frente al AC Milan. Fue oficialmente la primera liga de fútbol del mundo. A falta de siete jornadas para el final ocupaba todavía puestos de descenso y fue entonces cuando tres triunfos seguidos contra Girona F. C., C. D. Leganés y Real Sociedad permitieron alcanzar la puntuación mínima para continuar un año más en Primera. La temporada 1991-92 ganó la liga en la última jornada, gracias a la derrota del Real Madrid en el estadio del CD Tenerife en su último partido. 04-06-2024 Tenerife España ESP 3:2 DEN Dinamarca Clas. En 2013 optó por continuar en el conjunto coruñés pese al descenso de categoría, rechazando ofertas muy superiores en el ámbito económico de equipos de España y del extranjero.
En octubre de 2013 fue reemplazado en el cargo por Gerard López. Así pues, Cruyff fue destituido por la directiva del club y Rexach se hizo cargo del equipo las jornadas restantes. También se destacaron las buenas campañas de Unión Española y Magallanes, quienes terminaron empatados en el cuarto lugar con 38 puntos, a 18 puntos de los azules. También protagonizó diversas campañas antitabaco de la Generalidad de Cataluña. Además, las relaciones de Cruyff con el presidente Núñez, que siempre fueron estrictamente profesionales, en aquel momento se encontraban muy desgastadas. Cruyff empezó a trabajar entonces en una nueva generación de canteranos, que emularan a sus predecesores Josep Guardiola, Albert Ferrer o Guillermo Amor y la encontró en la llamada Quinta del Mini, una remesa de canteranos con grandes cualidades encabezada por Iván de la Peña, junto a Albert Celades, los hermanos Óscar y Roger García o su propio hijo Jordi Cruyff. Para el segundo uniforme se produce una alternancia en los colores de camiseta y pantalón. El segundo año (temporada 1989-90) Cruyff decidió fichar a Michael Laudrup, que no había tenido mucho éxito en su paso por la Liga italiana y por el que muy pocos apostaban.
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