Finalizando la década de 1930, de aquellos días de regocijo por la aparición en el ámbito internacional se pasó a la permanente lucha de poder, precisamente por la evolución del fútbol en otras regiones del país En 1939, el Gobierno tuvo que intervenir porque se reclamaba para Medellín la sede de la Adefútbol. En 1955 lucharon mano a mano el torneo colombiano, pero fue Independiente Medellín quien se llevó el primer puesto luego de 27 fechas. En el Torneo Apertura 2006, Atlético Nacional goleó 6-0 al América de Cali en la última fecha del todos contra todos del Apertura en Medellín y lo eliminó de toda opción de llegar a los cuadrangulares semifinales. Luego, en 1948, con la creación del Fútbol Profesional Colombiano, Atlético Municipal jugó su primer partido profesional en el hipódromo-estadio San Fernando de Itagüí hasta 1952 cuando dejó de jugar allí. Antes de la construcción del estadio y cuando existía todavía Unión F. B. C. en 1935, los partidos que jugaba en la Liga Antioqueña de Fútbol eran en el campo de fútbol del Hipódromo Los Libertadores, donde en la actualidad se ubica el barrio San Joaquín.
El escudo está conformado por un campo rectangular alargado verticalmente de color blanco, enmarcado por un borde verde; en el centro lleva un cuadrado dividido diagonalmente en dos áreas, una verde y una blanco con las letras «A» y «N», las iniciales del nombre del club, el escudo termina en un triángulo invertido. Estos colores fueron elegidos recordando los colores del departamento donde nació el club, el Departamento de Antioquia, que a su vez también son los de su capital respectiva, Medellín. Para 1999, el equipo verde doblegó 1-0 a Independiente Medellín logrando así disputar la gran final de ese año contra el América de Cali que a la postre ganó Nacional. Atlético Nacional juega en el Estadio Atanasio Girardot, el cual es propiedad de la Alcaldía de Medellín y es compartido con el Deportivo Independiente Medellín, dicho escenario está ubicado en el occidente de la ciudad y que cuenta con una capacidad de 45.000 espectadores, todos sentados. Es así que el himno oficial de Atlético Nacional, compuesto por Jorge León Ramírez, no es muy conocido dentro de los hinchas, pues la mayoría de veces se entona el Himno Antioqueño, incluso sus hinchas frecuentemente cambian el fragmento final del texto que dice: «Oh Libertad, Oh Libertad» por «Oh Libertad, camisetas baratas futbol ¡
Es el clásico más parejo del fútbol profesional colombiano, hasta el 24 de octubre de 2021 se han enfrentado 267 veces para un saldo de 95 victorias verdes, 93 derrotas y 79 empates. En los noventa la rivalidad se convirtió en todo un clásico del fútbol colombiano, pues los dos lograron tres títulos en este período y eran permanentes sus encuentros en copas internacionales. El máximo goleador de Nacional en estos encuentros es Víctor Aristizabal con 13 goles. El máximo goleador de Atlético Nacional en estos encuentros es Víctor Aristizabal con 14 goles. En la Copa Libertadores de 1989 la rivalidad nació después de la eliminación del club bogotano en cuartos de final a manos de Atlético Nacional y que fue campeón más tarde. En la primera cae en el play off de ascenso ante el segundo filial del Fútbol Club Barcelona, el FC Barcelona Amateur. En la quinta jornada vence al Granada CF en el Estadio Nuevo Los Cármenes por 0-1, gol de Rubén García, logrando así el primer gol y la primera victoria del Levante en la temporada. En el 2016-II Nacional cayó con los suplentes 2-1 ante Millonarios en el partido de ida en el Estadio El Campín con polémico arbitraje que le dio el triunfo a los azules, en el partido de vuelta Nacional derrotó 3-0 a Millonarios en el Estadio Atanasio Girardot con toda su nómina que no pudo disputar la final de Sudamericana por el Accidente aéreo que sufrió el equipo Chapecoense dejando un saldo de 71 víctimas fatales y 6 sobrevivientes.
En el año 2018, se enfrentarían en la final que enfrenta al campeón de Liga y de copa, disputando la Superliga de Colombia en doble partido, donde Millonarios obtendría el título en el Estadio Atanasio Girardot. Esta alianza solo duró un año y hasta la fecha ha sido la única vez en que los dos equipos rivales de la ciudad se han unido. En 1994, con un gol agónico de Juan Pablo Ángel, Atlético Nacional se coronó campeón de Colombia cuando disputaban la última fecha del cuadrangular final. En 1990 y 1992, América se consagró campeón y dejó a Atlético Nacional subcampeón y en 1991 y 1999 se produjo lo contrario, ya sea por enfrentamientos directos o por posición en los cuadrangulares. La temporada 1990-91 finalizó en noveno lugar y la siguiente en décima posición -por primera vez desde la Segunda Guerra Mundial el Legia se vio amenazado con bajar a segunda división-.