Por Leticia El Campeón de la Primera División de la Liga Oficial A se ganan un cupo a participar en el Torneo Regional Federal Amateur, que es la Cuarta categoría del fútbol argentino. Para dilucidar quien participaría en el torneo se optó por incluir a los equipos que habían ganado los torneos regionales que se habían disputado en los últimos meses de la guerra en la zona controlada por los sublevados. El club estuvo a punto de participar en la Olimpiada Popular de Barcelona que iba a celebrarse del 19 al 26 de julio de 1936; el alzamiento militar hizo que sus jugadores se encontrasen casualmente en la zona republicana al iniciarse la guerra civil española. Igualdad de los socios según procedencia de uno u otro club y paridad en la junta directiva. En 1992, la entidad pasó a convertirse en una sociedad anónima deportiva tras la entrada en vigor de la ley que las regulaba, y por tanto se modificó el sistema de elección de presidente, pasando de ser elegido por los socios del club, a ser elegido por los accionistas de la sociedad.
Con motivo de este traslado la sede social del club se trasladó al café Triquet. Primero probó con el CD Mallorca, pero después de llegar a un preacuerdo se rompieron las negociaciones: el CD Atlético quería que el nuevo club se llamase Atlético-Mallorca, mientras los mallorquinistas no querían ningún cambio. La Unión Deportiva Ibarra juega sus encuentros como local en el Estadio Villa Isabel que se encuentra ubicado en el barrio de El Fraile, muy cerca de Las Galletas. La primera temporada del Atlético Baleares como tal fue la 1942-43 en Primera Regional. Cambiar el nombre Club de Fútbol Baleares por Club Deportivo Atlético Baleares. Debido a la común extracción obrera de los jugadores y aficiones pronto hubo sintonía entre ambos y decidieron unirse para formar un club más potente. Por primera vez un conjunto de extracción obrera formaba un equipo, a cargo de los trabajadores de la compañía Isleña Marítima, camiseta futbol baratas aunque también participaron maquinistas navales en prácticas o estudiantes de esta carrera. El equipo carecía de campo y jugaba en una explanada del Muelle de Palma, aproximadamente donde estaban situadas las antiguas oficinas de la Isleña Marítima. Su camiseta adoptó los colores de la compañía marítima: tres franjas azules verticales sobre fondo blanco, inspirándose en las iniciales I-M en fondo azul de las chimeneas en los vapores de la Isleña Marítima.
Durante siete temporadas estuvo cerca de las eliminatorias de ascenso que el campeón de grupo tenía derecho a jugar, pero siempre era superado por otros clubes: el FC Barcelona unos años y la UE Estartit en otros. Los 16 equipos clasificados se enfrentaron en rondas eliminatorias hasta que los equipos de Italia y Francia se enfrentaron en la final realizada en el Estadio Olímpico de Berlín. Una sufrida victoria para los gallegos y un partido memorable en el que los del Aranda aguantarían hasta el minuto 85 con la portería imbatida, dominando incluso el partido en muchas fases. La mayor parte del torneo el León y el Atlante se disputaban el primer lugar de la tabla; el penúltimo partido los enfrentaba y definiría al ganador. En el partido correspondiente a la jornada 20 de La Liga 1995/1996, en la primera visita oficial del Real Madrid, se llegó a la friolera de 18 000 espectadores, récord de asistencia en la región que a día de hoy sigue imbatido.