En esta temporada el club se clasifica como semifinalista de la Copa Real Federación Española de Fútbol, camiseta fútbol cayendo eliminado en el campo del Club de Fútbol Gavà. En 2016, CMD pierde los derechos de la Primera División de Fútbol, los cuales son comprados por Gol TV para su emisión en Gol Perú. Poco duró en este nivel, pues consiguió el ascenso a la nueva segunda categoría (entonces llamada Primera B) esa misma temporada. El equipo hace una buena temporada ya que se mantiene durante 33 jornadas dentro de los puestos que dan opción a jugar la Fase de Ascenso a Segunda «A», pero al final, a falta de dos jornadas para la conclusión del campeonato, el equipo se descuelga y queda clasificado finalmente en la 5.ª posición de la tabla, a tan sólo 2 puntos del 4.º Clasificado, el Lorca. En la temporada 2009/2010 sin las penurias económicas de la temporada anterior, la UD Marbella ficha a consecuencia y configura un equipo para optar a los puestos de ascenso, objetivo que no se ve refrendado al no dar los resultados esperados y finalizar el equipo decimonoveno tras hacerse cargo del equipo en febrero el madrileño Alfredo Santaelena, terminando muy descolgado en la tabla clasificatoria.
El equipo se mantuvo en la misma dinámica continuando en puestos de ascenso, pero en las 10 jornadas finales fue perdiendo fuerza, consiguiendo finalmente una meritoria séptima posición. El equipo no pasa apuros y termina en décima posición. Se hace una magnífica temporada quedando el club campeón de la Tercera División y jugando, por tanto, su primera liga de ascenso a 2.ª División B. Los rivales de esta liguilla de ascenso fueron: Betis «B», Cuenca y Plasencia, perdiendo en la primera jornada por un contundente 6-1 en el campo del filial bético, siendo un duro golpe del equipo no se supo reponer, terminando la liguilla en segunda posición. En la campaña 05/06 bajo la batuta del tándem Paco Flores y Pablo Jiménez no se conjunta una buena plantilla y se ve desplazado hasta posiciones más lejanas, concretamente la duodécima y siendo eliminado por el Baza en la primera ronda de la Copa del Rey. En la temporada 2011/2012 la UD Marbella finaliza el campeonato en la tercera plaza de la clasificación, jugando la fase de ascenso de Segunda División B. Donde pasó la primera ronda eliminando al C.D.Mairena (Ida 3-1 Nuevo Estadio del Alcor) (Vuelta 2-0 en el Estadio Municipal) al remontar una eliminatoria que se le había puesto muy cuesta arriba con goles del delantero argentino Pibe.
El Rey, cayendo eliminado en la primera ronda por el C.D. Después del susto, en la campaña 08/09 con el segoviano José Luis Montes al frente del banquillo se refuerza la plantilla y radicalmente se cambia de signo, ocupándose una meritoria cuarta plaza que le alcanza para promocionar a Segunda División A. En esta fase eliminatoria carece de fortuna y pierde 0-2 en casa ante el Lorca Deportiva C.F., consiguiendo vencer en tierras murcianas por 0-1 con lo cual no accede a la siguiente ronda. Se recuerda en este equipo a los colombianos Luis Fernando «Chonto» Herrera, Alex Churio, Américo Quiñonez, Oscar Muñoz, Janio Cabezas, Orlando Maturana y Alfredo Ferrer. Las riendas de la selección fueron asumidas por su asistente Fernando Batista, quien había sido convocado por Pekerman para encargarse de las selecciones sub-20 y sub-23. Nuevamente se cumplía la gran actuación del país organizador, en este caso Inglaterra, que conseguía levantar el título como quinta selección en lograrlo, y tercera en su propio país. Tras doce años al frente del club, Antonio Pérez Ramos deja paso el 17 de junio de 2009 al empresario inmobiliario Rafael González-Cobos Bautista como presidente de la entidad costasoleña. El 28 de junio de 2013, bajo iniciativa del presidente Alexander Grinberg y con la idea de atraer afición extranjera, la entidad fue renombrada como Marbella Fútbol Club.
El 13 de febrero de 2013 al término de un periodo de negociaciones largo, un grupo de inversores rusos logró hacerse con la totalidad del club, siendo así declarado nuevo presidente de la entidad Alexander Grinberg, así llegarían los pagos atrasados a futbolistas y entrenadores. Por ello, Casillas dejó el nuevo récord de imbatibilidad de un portero del conjunto español en 820 minutos, superando el registro que él mismo poseía de 708 minutos. La Unión Deportiva Marbella no perdió ningún partido y consigue el tan ansiado ascenso a la categoría de bronce del Fútbol Español en el campo » Francisco Bono» del Alcalá de Guadaíra con el resultado de 0-1 gol de Cipri y que desató la locura de todos los aficionados allí presentes, así como de toda la afición blanquilla. En la segunda eliminatoria el conjunto marbellí cayó derrotado ante el Real Madrid C. En la ida la UD Marbella empezó metiendo un gol, terminando el partido con el resultado de 1-2 a favor de los madrileños. Este mismo año, la Unión Deportiva Marbella juega un amistoso en el Municipal contra el Bayern de Múnich siendo el resultado final de 0-0 y otro amistoso más contra el Alavés que en esos momentos dirigía Mané y cuyo resultado fue de 0-1. Al final de la liga, el club quedó clasificado en 6.ª posición.
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